Die wissenschaftliche Bearbeitung der Kunstwerke des Mainzer Landesmuseums geschieht durch Forschungsprojekte, die mitunter von Stiftungen gefördert werden. Teilweise werden diese von Mitarbeitern durchgeführt, die speziell für die Bearbeitung eines Projektes eingestellt sind und sich ausschließlich der Erforschung eines ausgewählten Bestands widmen.